Múzejné oddelenie sa špecializuje na dokumentáciu vojenských dejín Slovenska bezprostredne pred a počas 1. svetovej vojny vo Východných Karpatoch, medzivojnového obdobia a obdobia 2.svetovej vojny s dôrazom na priebeh Karpatsko-duklianskej operácie, partizánske hnutie a oslobodzovanie územia Slovenska v rokoch 1944 – 1945. Na prezentáciu dokumentovaných reálií slúži pre návštevníkov centrálna expozícia.