Nella prima metà del XIV secolo, alla periferia meridionale di Prešov fu costruito l'edificio dell'ospedale cittadino, al quale nello stesso secolo fu aggiunta una cappella più piccola. Nel 1429 fu costruita una nuova chiesa dell'ospedale dedicata alla Vergine Maria. Nelle sue vicinanze si trovavano un ospedale e un ospizio. Dopo la Riforma, la chiesa dell'ospedale divenne la chiesa evangelica della popolazione slovacca di Prešov. In seguito al decreto del sovrano Leopoldo I del 1673, la chiesa fu consegnata ai Minoriti, giunti a Prešov nello stesso anno. Oltre alla chiesa, i Minoriti ricevettero anche la proprietà di un ospedale. Nel XVII secolo fu collegato al monastero minoritico e nel XVIII secolo fu ricostruito in stile barocco nella sua forma attuale. Nel 1757 furono dipinti quattro grandi affreschi della vita di San Giovanni Battista. Sono ancora conservati sul soffitto della navata centrale. Dal 1818 la chiesa apparteneva al vescovato greco-cattolico. Nella cappella settentrionale, di fronte all'altare, si trova un sarcofago con le spoglie del vescovo Pietro Paolo Gojdič. I suoi resti sono stati collocati nel sarcofago dopo la sua beatificazione nel 2001. Sulla parete nord della cattedrale, dietro un vetro, si trova una copia della Sindone di Torino, che la Cattedrale di Prešov ha ricevuto in dono dall'Arcivescovado di Torino in Italia nel 2003: si tratta di un facsimile, prodotto in sole quattro copie. Negli anni Cinquanta, la chiesa fu ceduta alla Chiesa ortodossa quando la Chiesa greco-cattolica fu abolita in Cecoslovacchia. Le fu restituita nel 1968, dopo la restaurazione della Chiesa greco-cattolica.
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