Barokový jednoloďový rímskokatolícky kostol s dvojvežovým priečelím je spojený na severnej strane s kláštorom. V 14. storočí mesto poskytlo kostol karmelitánom, ktorí prišli do Prešova z Poľska v roku 1288. Rozhodnutím panovníka Leopolda I. z roku 1661 kostol s kláštorom pripadli františkánskej reholi z neďalekej Nižnej Šebastovej. Vďaka finančnej pomoci baróna Františka Klobušického z Prešova a barónky Šóšovej zo Solivaru čoskoro začala prestavba pôvodne gotického kostola. Podľa vzoru jezuitského Kostola Ill Gésu v Ríme bolo upravené celé priečelie s dvoma bočnými vežami. V južnej časti františkánskeho kostola pri oltári sv. Antona sú uložené jeho pozostatky spolu s pozostatkami Terézie Klobušickej. Obnovený chrám bol slávnostne vysvätený v r. 1735. Po nákladných rekonštrukčných prácach vypukol 3. decembra 1888 v poradí druhý požiar, pri ktorom zhoreli obe štíhle kostolné veže a zostalo z nich len torzo. Františkánsky kostol bol v r. 1984 – 1993 podrobený nevyhnutnej generálnej oprave.