Le origini del tempio risalgono al XIII secolo. Il patronato del tempio risale a questo periodo. Intorno al 1206, i monaci cistercensi di Koprzywnica, in Polonia, si stabilirono in questo sito e fondarono un monastero dedicato a Sant'Egidio. Una carta reale del 1247, con la quale il re Belo IV confermava all'Ordine le sue vaste terre nei pressi di Bardejov („Terra Bardfa“), contiene la prima menzione dell'esistenza di una chiesa in questa zona. Tuttavia, a causa di improvvisi cambiamenti, i cistercensi abbandonarono il sito nella seconda metà del XIII secolo (intorno al 1271). La costruzione della chiesa iniziò a metà del XIV secolo e la costruzione della parte basilicale fu completata nel 1415. Nei secoli successivi, il tempio è stato danneggiato da incendi, terremoti e dai bombardamenti del 1944. Il tempio è stato sottoposto a numerose ristrutturazioni strutturali. Nel 1990, le due campane della chiesa, Urbano e Giovanni, sono scoppiate e sono state sostituite dalla campana Giuseppe in occasione della dichiarazione della chiesa come Basilica Minore.
I reperti di maggior valore includono: La statua di Sant'Egidio dell'altare principale originale, il mobile dell'altare di Santa Elisabetta d'Ungheria o della Natività del Signore (1480-1490), l'altare della Crocifissione con dipinto - Veraikon, il fonte battesimale in bronzo fuso o l'altare della Vergine Maria, di Sant'Erasmo e di San Nicola.
L'interno della chiesa è decorato da un insieme unico di undici altari alati tardogotici, risalenti al periodo 1460-1520. Il più prezioso è l'altare della Natività del Signore (1480-1490 circa).
Il 4 gennaio 2001, la Cattedrale di Sant'Egidio ha ottenuto l'approvazione personale di Papa Giovanni Paolo II per essere elevata a basilica minore. Il consenso è stato concesso con un breve apostolico. Il Breve Apostolico è stato inviato alla Curia Arcivescovile da S.E. il Cardinale Angelus Sodano a nome del Santo Padre.
