Początki świątyni sięgają XIII wieku. Z tego też okresu pochodzi patronat nad świątynią. Około 1206 roku cystersi z Koprzywnicy w Polsce osiedlili się w tym miejscu i założyli klasztor pod wezwaniem świętego Egidiusza. Pierwsza wzmianka o istnieniu kościoła na tym terenie pochodzi z 1247 r., kiedy to król Belo IV potwierdził zakonowi rozległe ziemie w okolicach Bardejova („Terra Bardfa“). Jednak z powodu nagłych zmian, cystersi opuścili to miejsce w drugiej połowie XIII wieku (około 1271 roku). Budowa kościoła rozpoczęła się w połowie XIV wieku, a budowa części bazylikowej została ukończona w 1415 roku. W kolejnych stuleciach świątynia była niszczona przez pożary, trzęsienia ziemi i bombardowania w 1944 roku. Świątynia przeszła wiele renowacji strukturalnych. W 1990 roku dwa dzwony kościelne, Urban i Jan, pękły i zostały zastąpione dzwonem Józef z okazji ogłoszenia kościoła Bazyliką Mniejszą.
Do najcenniejszych eksponatów należą: Rzeźba św. Egidiusza z pierwotnego ołtarza głównego, szafa ołtarzowa ołtarza św. Elżbiety Węgierskiej lub ołtarza Narodzenia Pańskiego (1480-1490), ołtarz Ukrzyżowania z obrazem - Veraikon, chrzcielnica odlana z brązu lub ołtarz Najświętszej Marii Panny, św. Erazma i św. Mikołaja.
Wnętrze kościoła zdobi unikatowy zespół jedenastu późnogotyckich ołtarzy skrzydłowych z lat 1460-1520. Najcenniejszym z nich jest ołtarz Narodzenia Pańskiego (ok. 1480-1490).
W dniu 4 stycznia 2001 r. katedra św. Egidiusza otrzymała osobistą zgodę papieża Jana Pawła II na podniesienie katedry św. Egidiusza do rangi bazyliki mniejszej. Zgoda została wyrażona poprzez breve apostolskie (krótki list). Breve apostolskie zostało wysłane do Kurii Arcybiskupiej przez JE Kardynała Angelusa Sodano w imieniu Ojca Świętego.
