Los orígenes del templo se remontan al siglo XIII. De esta época data el patronazgo del templo. Alrededor de 1206, monjes cistercienses de Koprzywnica (Polonia) se asentaron en este lugar y fundaron un monasterio dedicado a San Egidio. Una cédula real de 1247, por la que el rey Belo IV confirmaba a la orden sus extensas tierras en los alrededores de Bardejov („Terra Bardfa“), contiene la primera mención de la existencia de una iglesia en esta zona. Sin embargo, debido a cambios repentinos, los cistercienses abandonaron el lugar en la segunda mitad del siglo XIII (hacia 1271). La construcción de la iglesia comenzó a mediados del siglo XIV y la edificación de la parte basilical finalizó en 1415. En los siglos siguientes, el templo sufrió daños a causa de incendios, terremotos y bombardeos en 1944. El templo ha sufrido muchas renovaciones estructurales. En 1990, las dos campanas de la iglesia, Urbano y Juan, reventaron y fueron sustituidas por la campana José con motivo de la declaración de la iglesia como Basílica Menor.
Entre las exposiciones más valiosas figuran: La estatua de San Egidio del altar mayor original, el armario del Altar de Santa Isabel de Hungría o el Altar de la Natividad del Señor (1480-1490), el Altar de la Crucifixión con una pintura - Veraikon, pila bautismal de bronce fundido o el Altar de la Virgen María, San Erasmo y San Nicolás.
El interior de la iglesia está decorado con un conjunto único de once altares alados de estilo gótico tardío de 1460-1520. El más precioso es el altar de la Natividad del Señor (c. 1480-1490).
El 4 de enero de 2001, la catedral de San Egidio recibió la aprobación personal del Papa Juan Pablo II para elevar la catedral de San Egidio a basílica menor. El consentimiento se dio mediante una breve carta apostólica. El Breve Apostólico fue enviado a la Curia Arzobispal por S.E. el Cardenal Angelus Sodano en nombre del Santo Padre.
