Muzeum Żydowskie w Preszowie zostało założone w 1928 roku jako pierwszy tego typu obiekt muzealny na Słowacji. Największy udział w jego powstaniu oraz gromadzeniu zbiorów mieli przewodniczący stowarzyszenia geologów, inżynier Eugen Bárkány oraz doktor Teodor Austerlitz, syn słynnego rabina z Preszowa. Dzięki nim muzeum pozyskało około trzystu przedmiotów pochodzących ze Słowacji, a także liczne dary z zagranicy. Udało się także zdobyć odpowiednie miejsce, tzw. Kumšt, czyli basztę, w której w 1931 roku rozpoczęło swoją działalność muzeum. W czasie wojny działalność muzeum została zawieszona. Po wojnie zaś nie było odpowiedniego klimatu do jego otwarcia, a zbiory zaczęły niszczeć. W związku z tym Eugen Bárkány wystarał się o ich przechowanie w Państwowym Muzeum Żydowskim w Pradze, gdzie znajdowały się aż do rozpadu Czechosłowacji. Kolekcja wróciła na Słowację w kwietniu 1993 roku. Już 25 listopada tego samego roku część zbiorów została udostępniona publiczności w formie wystawy stałej zainstalowanej w synagodze ortodoksyjnej w Preszowie.
