A 14. század első felében Eperjes déli szélén épült a városi kórház épülete, amelyhez ugyanabban a században egy kisebb kápolnát is csatoltak. A helyén elkezdtek építeni 1429-ben az új Kórházi templomot, amelyet Szűz Máriának szenteltek fel. A szomszédjában volt a kórház és szegényház. A reformáció kezdete után a kórházi templom az eperjesi szlovák lakosság evangélikus templommá vált. I. Lipót király parancsára 1673-ban a templomot átadták a minorita rendnek, akik még ebben az évben Eperjesre érkeztek. A templomon kívül a minoriták tulajdonába került a kórház is. A 17. században hozzá kapcsolták a minorita kolostorhoz és a 18. században barokk stílusban újjáépítették jelenlegi formájára. 1757-ben négy nagyobb freskó készült Szent Keresztelő János életéből. Még mindig a mennyezeten őrzik a templom hajójában. A templom 1818-tól a görög katolikus püspökséghez tartozott. Az északi kápolnában található az oltár előtti szarkofágban elhelyezett Gojdics Péter Pál püspök földi maradványaival. 2001-ben amikor boldoggá avatták, helyezték el a maradványokat a szarkofágban. A székesegyház északi falán van az üveg mögött a Torinói lepel másolata, amelyet az eperjesi székesegyház kapott ajándékba az olaszországi Torinói érsekségtől 2003-ban. Ez egy fakszimile, amelyet csak négy példányban készítettek . Az 1950-es években a templomot az ortodox egyház kapta használatba, amikor Csehszlovákiában felszámolták a görögkatolikus egyházat. 1968-ban visszakapta, amikor is megújították a görögkatolikus egyházat.
