A Nagyszombati jezsuita egyetem ellensúlyaként működő Eperjesi Evangélikus kolégium létrehozásáról 1665. november 18-án a kassai ülésen döntöttek a felső magyarországi protestáns uradalmak küldöttei. Nemcsak a felső magyarországi protestáns mágnások járultak hozzá anyagilag az építkezéshez, de köznemesek, a Szabad királyi város, a svéd király, az Erdélyi álományok, illetve néhány német hercegség is. A kezdetektől fogva tanított itt több kiemelkedő professzor Magyarország egész területéről és külföldről is. Személyiségéinek, a módszereknek, valamint modern tantermeinek köszönhetően a kollégium olyan szintre jutott, hogy az álományosok evangélikus egyetemé átalakítását tervezték. Az 1815-ös éve is jelentős nyomot hagyott a történetében, amikor előadást kezdtek tartani a jogról. A 19. század első felében az egyik legfontosabb magassabb iskolái közzé nőtt egész Magyarországon. Tanítványai között számos fontos személyiséget találunk, mint például a Habsburg-ellenes ellenállás vezetője, Tököly Imre, a híres angol barokk festő, Bogdányi Jákob, politikusok és kulturális személyiségek, mint Hodzsa Mihály Miloslav , Záborsky Jónás, P. O. Hviezdoslav, Kossuth Lajos, Jeszensky János , az 1848/1849-es forradalom tábornoka Aristid Dessewffy, politikus, valamint Pulsky Ferenc politikus és régész, és sokan mások. A belső terek közül a legszebb szoba az Aula, ahol a főiskolai könyvtár történeti állománya található. Több mint 40 ezer könyvek köteteit tartalmaza. 1908-ban az északnyugati sarkon emlékművet állítottak a Caraff véres pere 1687-ben áldozatoknak tiszteletíre, egy emléktáblával együtt a kivégzettek neveivel. Ennél az emlékműnél 1995. július 2-án eperjesi látogatása során róta le tiszteletét és hajolt meg az eperjesi vértanuk emléke előtt II. János Pál pápa. A kollégium belső tereinek felújítása után, 1998 tavaszától az Evangélikus Egyház püspöki hivatalát szolgálja.
